Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Film opowiada o duchowej więzi Karola Wojtyły z Matką Bożą, która miała prowadzić Jana Pawła II przez cały pontyfikat, oraz o znaczeniu objawień maryjnych.